Το φρούριο περιβαλλόταν από τείχος μήκους 4 χιλιομέτρων και αποτελούσε αποτελεσματικό καταφύγιο για τους κατοίκους κατά τη διάρκεια των πολέμων, καθώς και ασφαλές κατάλυμα για τους περισσότερους από 19 Μεγάλους Διδασκάλους του Τάγματος των Ιπποτών του Αγίου Ιωάννη που ζούσαν εκεί και για πολλούς ξένους κατακτητές μετά το τέλος της εποχής των Ιπποτών στο νησί.
Το παλάτι έχει επιβιώσει από πολλές μάχες και επιθέσεις, ιδίως κατά την εισβολή των Οθωμανών Τούρκων το 1522, καθώς και από ισχυρούς σεισμούς. Χτίστηκε με τέτοιο τρόπο ώστε να αντέχει σε επιθέσεις και στρατιωτικές πολιορκίες, ωστόσο κανείς δεν μπορούσε να προβλέψει την καταστροφή που θα ερχόταν σχεδόν τρεις αιώνες αργότερα, το 1856, όταν σημειώθηκε έκρηξη σε παρακείμενη πυριτιδαποθήκη και κατέστρεψε το μεγαλύτερο μέρος του κάστρου καθώς και μεγάλο μέρος της παλιάς πόλης, ενώ τα θύματα βρέθηκαν να είναι περισσότεροι από 900 κάτοικοι του οικισμού.
Το Παλάτι αφέθηκε να παρακμάσει, μέχρι τρία χρόνια πριν από τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, όταν οι Ιταλοί κατακτητές ανέλαβαν εργασίες αποκατάστασης για να μετατρέψουν το Παλάτι σε εξοχική κατοικία για τους Ιταλούς βασιλείς, συμπεριλαμβανομένου του δικτάτορα Μπενίτο Μουσολίνι. Δυστυχώς όμως, οι αρχιτέκτονες, αντί να ακολουθήσουν το μεσαιωνικό αρχιτεκτονικό ύφος του κάστρου κατά τη διάρκεια της αποκατάστασης, μάλλον προσάρμοσαν τα υπάρχοντα μέρη του σε πιο ευρωπαϊκές και ιταλικές δομές και αλλαγές που αντανακλούσαν τα γούστα και τις προτιμήσεις τους. Ωστόσο, το εξωτερικό του κάστρου αναδιαμορφώθηκε με σεβασμό στο μεσαιωνικό στυλ, με κάποιες σταδιακές προσθήκες χαρακτικών, πλακών και οικόσημων.
Το Παλάτι των Μεγάλων Μαγίστρων της Ρόδου είναι ένα θαυμάσιο έργο τέχνης και αρχιτεκτονικής, καθώς πρόκειται για ένα ορθογώνιο κτίριο σε σχήμα πύργου με μεγάλη αυλή που περιβάλλεται από στοές. Ένα από τα πιο εντυπωσιακά μέρη του όμως είναι τα εκπληκτικά ψηφιδωτά στα δάπεδα ορισμένων δωματίων, τα οποία θεωρούνται τα ωραιότερα ψηφιδωτά στην Ελλάδα και προέρχονται από την ελληνιστική και τη χριστιανική εποχή. Μάλιστα, τα ψηφιδωτά αυτά τα έφεραν οι Ιταλοί από το νησί της Κω, που φημίζεται για τις αυλές του.
Το παραπάνω εκτεταμένο έργο αποκατάστασης θαυμάστηκε και εκτιμήθηκε από τους ντόπιους, μέχρι που ήρθε στο φως μια ανησυχητική ανακάλυψη. Το 1994, κατά τη διάρκεια ανασκαφών, οι αρχαιολόγοι βρήκαν έναν αριθμό ιστορικά σημαντικών και πολύτιμων αντικειμένων, τα οποία είχαν εγκαταλείψει εντελώς οι Ιταλοί, αφού τα είχαν χρησιμοποιήσει ως οικοδομικό υλικό.
Σήμερα, αν και η δόξα και η πολυτέλεια του παρελθόντος δεν είναι βαθιά εμφανείς, το Παλάτι έχει μετατραπεί σε Αρχαιολογικό Μουσείο, επιτρέποντας στους επισκέπτες να θαυμάσουν την υπόλοιπη αίγλη του, έξι ημέρες την εβδομάδα καθ' όλη τη διάρκεια του έτους. Επιπλέον, στις αρχές της δεκαετίας του '80 η Παλιά Πόλη της Ρόδου ανακηρύχθηκε Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO.
Τοποθεσία του Παλατιού του Μεγάλου Μαγίστρου:
Το κάστρο είναι εύκολα ορατό και προσβάσιμο από διάφορα σημεία της Παλιάς Πόλης. Ο πιο δημοφιλής τρόπος είναι να περπατήσετε στην Οδό των Ιπποτών, η οποία βρίσκεται ακριβώς δίπλα στο Αρχαιολογικό Μουσείο. Είναι αρκετά βολικό το γεγονός ότι απέχει μόλις 1 χιλιόμετρο από την πόλη της Ρόδου, γεγονός που το καθιστά μια εξαιρετική ευκαιρία για ένα ταξίδι στο παρελθόν που πραγματοποιείται με τα πόδια.