Έχει έκταση 14,4 τετραγωνικά χιλιόμετρα, πλούσιο θαλάσσιο διαμελισμό με απάνεμους όρμους και πολλές μικρές βραχονησίδες και είναι ένας τόπος ιδανικός για ξεκούραστες και ήρεμες διακοπές, για ατέλειωτες βουτιές σε πραγματικά κρυστάλλινα νερά, για αληθινή επικοινωνία με απλούς και ανεπιτήδευτους ανθρώπους. Εδώ, η απείραχτη νησιώτικη φύση συνδυάζεται με τον παραδοσιακό τρόπο ζωής και την αυθεντική Ελληνική φιλοξενία. Ένας παράδεισος με αδιατάρακτη οικολογική ισορροπία, με αρχέγονες θρησκευτικές και λαϊκές παραδόσεις, μυρωδιές αγριοβότανων και φρεσκοψημένου ψωμιού, ήχους από τον παφλασμό κυμάτων και των φτερών του Αιγαιόγλαρου.
Οι θάλασσες του Αγαθονησίου έχουν άφθονο ψάρι, ενώ οι φιλόξενοι ντόπιοι ψαράδες περιμένουν τους ερασιτέχνες αλιείς για να τους μάθουν τα μυστικά τους. Ανακαλύψτε το Αγαθονήσι το καλοκαίρι και θα εκπλαγείτε με όσα έχει να σας προσφέρει.
To Αγαθονήσι εντάσσεται στην προστατευόμενη περιοχή NATURA 2000 ως πολύτιμο καταφύγιο σπάνιων πουλιών (Αιγαιόγλαρος κ.α.).
Μετά την αναγνώριση του νησιού σε Κοινότητα (1954), γίνονται διάφορα έργα ανάπτυξης: Διανοίξεις και τσιμεντοστρώσεις δρόμων, η λειτουργία αυτόνομου σταθμού παραγωγής ηλεκτρικού ρεύματος, η κατασκευή λιμένα, η λειτουργία ελικοδρομίου, η κατασκευή δικτύου ύδρευσης, η λειτουργία χώρου υγειονομικής ταφής απορριμμάτων και πολλά άλλα. Τηλεπικοινωνιακά, πέραν της σταθερής τηλεφωνίας, το νησί καλύπτεται σήμερα με περισσότερες της μίας, εταρείες κινητής τηλεφωνίας.
Οι κάτοικοι του Αγαθονησίου ασχολούνται με την γεωργία, την αλιεία και την κτηνοτροφία και με στήριξη του Αγροτικού Συνεταιρισμού. Επίσης ως αλιεργάτες στις μονάδες ιχθυοκαλλιέργειας που λειτουργεί στο νησί. Μερικοί εργάζονται ως υπάλληλοι στις υπηρεσίες του νησιού. Τα τελευταία χρόνια με την ανάπτυξη του τουρισμού, έχει δημιουργηθεί μικρή τουριστική υποδομή και έχουν ανεγερθεί μικρές μονάδες ενοικιαζομένων δωματίων με 120 κλίνες περίπου.
Στις απογραφές των τελευταίων δεκαετιών παρατηρείται μείωση του πληθυσμού με εξαίρεση την τελευταία, όπου επέρχεται μια μικρή αύξηση σε σχέση με τις προηγούμενες.
Στο Αγαθονήσι υπάρχουν τρεις οικισμοί: το Μεγάλο Χωριό, το Μικρό Χωριό και ο Άγιος Γεώργιος. To Μεγάλο Χωριό είναι ο μεγαλύτερος και αρχαιότερος οικισμός του νησιού, αθέατος από τη θάλασσα (όπως κτίσθηκε από παλιά για να προστατεύει τους κατοίκους από τις πειρατικές επιδρομές). Αρχιτεκτονική ιδιαιτερότητά του είναι ο πέτρινος τοίχος γύρω από τα σπίτια με μεγάλες πόρτες - εισόδους στον οικισμό. To Μεγάλο Χωριό αριθμεί σήμερα περί τους 120 κατοίκους, ενώ οι άλλοι δύο οικισμοί, το Μικρό Χωριό και ο Άγιος Γεώργιος που αποτελεί και το κύριο λιμάνι του νησιού, αριθμούν μόλις 15 κατοίκους ο καθένας.
Η περιοχή του Καθολικού στα Β.Α. φιλοξενεί ιχθυοκαλλιέργειες και συγχρόνως αποτελεί αλιευτικό καταφύγιο ως φυσικό λιμάνι.
Συγκοινωνιακά το νησί εξυπηρετείται τέσσερις φορές την εβδομάδα με πλοίο και συνδέεται με τα νησιά Κάλυμνο έως Πυθαγόρειο Σάμου, δύο φορές με ταχύπλοο από Κάλυμνο μέχρι Αγαθονήσι και μια φορά την εβδομάδα με τη Ρόδο. Κατά τους θερινούς μήνες το νησί εξυπηρετείται και με υδροπτέρυγα.
